Harukoi Otome xoay quanh nhân vật chính là Akihito Hayasaka, một cậu nam sinh đang học năm hai tại trường trung học nhưng mà trường anh đột ngột đóng cửa và họ đã chuyển anh đến học viện St. Francesca từng là một ngôi trường nữ sinh và giờ đã nhận thêm cả nam mặc dù vậy tỉ lệ nữ ở đây vẫn rất cao. Vâng và ở đó anh gặp toàn gái là gái